Questo puzzle-game arriva in Giappone verso la metà degli anni Ottanta: nel 1984 viene proposto sulla rivista "Monthly Nikolist" della società Nikoli (che lo brevetta solo nel proprio paese), con il nome Sunji wa dokushin ni kagiru ( solo numeri singoli). Il nome viene ben presto abbreviato in Sudoku (o Su Doku), dove su sta per numero e doku per singolo.
Nel 1986 la Nikoli introduce due modifiche:
le caselle occupate dai numeri forniti in partenza devono essere simmetriche rispetto al centro della griglia (tale simmetria si limita alle posizioni occupate, non si riferisce ai numeri presenti nelle caselle);
i numeri forniti per iniziare il gioco non devono essere più di 30.
Da allora questo rompicapo si è diffuso in tutto il Giappone, divenendo estremamente popolare. Il Sudoku arriva in Europa solo nel 2004, grazie a Wayne Gould, giudice neozelandese in pensione, che "scopre" il rompicapo a Tokyo nel 1997 e vi si appasiona, fino a diventare il più famoso realizzatore di schemi di Sudoku.
Nel 2004 gould propone questo gioco al quotidiano londinese "The Times", che pubblica il primo schema il 12 novembre. L'esempio viene immediatamente seguito da altre testate giornalistiche e, da allora, il gioco si è diffuso in tutta l'Inghilterra, fino al boom che ha raggiunta il resto del mondo.
Scopo del gioco è completare lo schema classico (81 caselle, 9 blocchi, 9 righe x 9 colonne) ( ma sono possibili anche schemi diversi ) in modo che ogni colonna, ogni riga e ogni blocco contenga tutti in numeri da 1 a 9,( in schemi particolari si possono trovare meno numeri o insieme di numeri e lettere ). Alcuni numeri o lettere sono già contenuti nello schema, in modo da indirizzare la soluzione. Più numeri o lettere inserite nello schema, più diventa veloce arrivare alla soluzione finale.
Il gioco è oggi enormemente diffuso, presente su quotidiani di oltre 25 nazioni diverse.
Il primo campionato mondiale di Sudoku si è tenuto a Lucca dal 10 al 12 marzo 2006.